DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10351 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)NC1CCCN(c2ccc(-n3cncn3)cc2)C1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10352 C#Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C)c(C(=O)Nc3ccc(N4CCN(C(N)=O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10353 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)Nc1ccc(N2C=CN(C(N)=O)CC2)cc1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10354 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1C(=O)NC1CCCN(c2cc(-c3cnc4c(Cl)cccc4c3)ccn2)C1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10355 CC(=O)NC1CCN(c2ccc(NC(=O)c3cc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccc3C)cc2)CC1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10356 Cc1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C#N)cc2)cc1-c1ccc2c(CN3CCOCC3)cccc2c1 AlphaDrug 5LYN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10357 COC1=CC(C(F)(F)F)=CC2=C(N1)C(CN(C(=O)c1ccc(Cl)cc1Cl)c1cn(CC(=O)OC(C)(C)C)c3cccc(Cl)c13)CO2 AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10358 COc1cc(-c2cccc3[nH]nnc23)cc(OCC2CN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)c3ccccc32)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10359 COc1cc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc(OCC2CN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)c3ccccc32)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10360 COc1cc(-c2ccccc2)cc(OCC2CN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)C2Cl)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10361 COc1cc(-c2ccccc2)cc(OCC2CN(C(=O)c3cccc(Oc4ccccc4)c3)C2)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10362 COc1cc(-c2cccc(O)c2)cc(OCC2CN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)C2C)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10363 CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2cccc(O)c2O)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10364 O=C(O)CC1CCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc2O)CC1 AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10365 COc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)cc(OCC2CCC(N(C)C)CC2)c1O AlphaDrug 5LJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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