Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10411	CC(C)C1NC(=O)C2(CC(NC(=O)c3ccc(-c4cnc5ccccc5c4)cc3)C2)C(O)CN1C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10412	CC(C)c1cccc(C(=O)Nc2ccc(CC3CCN(c4ncnc5ccccc45)CC3)cc2)c1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10413	CC(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCN(c3ncnc4cc(C(=O)NO)ccc34)C2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10414	CC(C)c1ccc(-c2cc3c(O)cc(O)cc3c(O)c2O)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10415	CC(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCN(c3ccc(-c4cnc(N)c(C(=O)NCC5CC5)c4)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10416	CC(C)c1ccc(-c2cnc3ccc(-c4cnn(C)c4-c4ccccc4)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10417	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)NC3CCCN(c4ccc(F)c(Cl)c4)C3)c3ccc(Cl)cc3n2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10418	Cc1cnc(NC(=O)NC2CCCN(c3ccc(Cl)cc3)C2)nc1-c1ccc2nc(C)n(C(C)C)c2c1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10419	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)NC(Cc3ccccc3)C3CC3)cc(-c3ccccc3)c2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10420	CC(=O)N1C=CN(c2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3ccccc3)n2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10421	CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCCC(NC(=O)Nc4cc(N5CCN(C(C)=O)CC5)c(C)cn4)C3)cc2)cc1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10422	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)NC3CCCN(c4ncc(-c5cccc(C(F)(F)F)c5)s4)C3)ncc2C)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10423	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)NC3CCCN(c4ccc(-c5nc(N)nc6ncccc56)cc4)C3)nc(C)n2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10424	CC(=O)N1CCN(c2ccc(NC(=O)NC(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)C(=O)NCc3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10425	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)N(C)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)nc(N)n2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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