Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10426	CC(=O)N1CCN(c2cc(NC(=O)NC3CCCN(c4ccc(-c5nc(C)no5)cc4)C3)nc(C)n2)CC1	AlphaDrug	5LVD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10427	COc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1C(=O)Nc1ccc2cc(C(=O)NO)ccc2c1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10428	COc1ccc(-c2cccc(CN3CCOCC3)c2)cc1C(=O)Nc1ccc2cc(C(=O)NO)ccc2c1	AlphaDrug	4MO4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10429	COc1ccc(C(=O)NCc2ccccc2)cc1C(=O)Nc1ccc2cc(S(C)(=O)=O)ccc2n1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10430	COc1ccc(-c2ccccc2C(=O)NO)cc1C(=O)Nc1ccc2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc2c1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10431	COc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1C(=O)Nc1nn(CC(=O)O)c(-c2ccc(F)cc2)c1C	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10432	COC1C(N(C)C(=O)c2ccccc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10433	COc1ccc(C#N)cc1C(=O)Nc1cc(-c2ccc(N3CCCC3)nc2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10434	COc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)nc2)cc1C(=O)Nc1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10435	COc1ccc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)cc1C(=O)Nc1ccc2cc(-c3ccc(CN4CCOCC4)cc3)ccc2c1	AlphaDrug	4MO4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10436	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc3nc(N)nnc23)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10437	CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2cccc3c(O)cccc23)nc1)C(=O)NC1CC=CCC1C(=O)NCc1ccccc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10438	CC1=[SH]2(CCCC2)CC(C(C)(C)O)C1C(=O)Cn1c(=O)c2ccccc2c2ccc(Cl)cc21	AlphaDrug	4NJ9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10439	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10440	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2nc3ccc(Cl)cc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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