DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10456 CC1(C)CCC(c2cccnc2)CN1C(=O)c1cc2cc(C#N)ccc2[nH]1 AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10457 CC1CCN(C(=O)c2cc3ccccc3c(=O)[nH]2)CCN1C(=O)c1cc2cc(Cl)ccc2[nH]1 AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10458 CC1(C)CCC(C(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)CN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10459 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3cccnc3)CCC2(C)C)cc1-c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10460 CC(=O)NC(=O)C1CCN(c2ccc(C3CCC(C)(C)N(C(=O)c4ccc(C)c(C(F)(F)F)c4)C3)cn2)CC(C)(C)C1 AlphaDrug 5CEP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10461 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3cncnc3)CCC2(C)C)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10462 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3ccc(C(=O)N4CCC(C(N)=O)CC4)cc3)CCC2(C)C)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10463 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3ccc(C(F)(F)F)c(F)c3)CCC2(C)C)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10464 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3ccc(Cl)cc3)CCC2(C)C)cc1-c1ccc(F)c(F)c1 AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10465 Cc1ccc(C(=O)N2CC(c3ccc(C(=O)N4CCC(NC(=O)N5CCCC5C(C)(C)C)CC4)cc3)CCC2(C)C)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5CEP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10466 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5GS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10467 COc1ccc(CCN2CCC(c3nc4ccc(-c5cccc(OC(F)(F)F)c5)cc4s3)CC2)c(OC)c1 AlphaDrug 5GS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10468 Cc1cc(-c2cc3cc(F)cc(F)c3n(CC(=O)NC3CCC(C(=O)O)CC3)c2=O)on1 AlphaDrug 5GS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10469 O=C(CCCc1cc(NC(=O)OC2CCN(c3ccccc3)CC2)ccc1Cl)NC1CCCN1C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5GS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10470 Cc1cc(Nc2cccc3ccccc23)nc(-c2ccc(N(C)C3C=CC(C)C=C3)cc2)n1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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