Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10441	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc(-c3nnc[nH]3)c2)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10442	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10443	CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1)C(=O)NCc1ccc(-c2ccccc2-c2nc3ccc(F)cc3[nH]2)cc1	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10444	CC(C)(C)OC(=O)NC1CC2CCC(O)C2CCCCC(CCCCN2C(=O)C2CCCCC2NC(=O)C(C3CCCCC3)NC2=O)NC1=O	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10445	Cn1c2ccccc2c2c(-c3ccc(CNC(=O)C(Cc4ccc(F)cc4)NC(=O)OC(C)(C)C)cc3)cccc21	AlphaDrug	4NJ9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10446	Cc1ccc(-c2ccc(CC(C)C)cc2)c(C(=O)O)c1SC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10447	CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3C(=O)NC3CCC(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10448	CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(N4c5ccccc5S(=O)(=O)NC5C=CC4CC5)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10449	Cc1cccc2c1c(C)c(-c1cccc(-c3ccc(-c4ccc(CC(C)C)cc4)cc3)c1)n2C	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10450	CC(C)Cc1ccc(-c2ccc3cccc(NC(=O)C4C=CC(O)CC4)c3c2)cc1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10451	CC(C)Cc1ccc(CC2CCCC(NC(=O)C(C)(C)NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)C2)c(Cl)c1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10452	CC1CC(S(=O)(=O)NC2CCC(NC(=O)C(C)(C)C)CC2)C(=O)NC1NC(=O)/C1=C/C=C(/c2ccccc2)OC(F)(F)c2ccccc2C1=O	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10453	C/C(C(N)=O)=C(/N)CC(=O)Nc1cccc2ccc(-c3ccc(CC(C)C)cc3)cc12	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10454	Cc1cc(C(=O)Nc2cc(-c3ccc(CC(C)C)cc3)ccn2)ccc1CC(=O)N1CCN(C(=O)c2ccc(Cl)cc2C)CC1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10455	CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3C3CCC(N4CCC(NS(=O)(=O)C(C)(C)C)CC4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	6GXG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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