DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10471 CN(c1ccc(-c2cc(F)cc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)cc1)C1CCC(C)(C)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10472 Cc1cccc(Nc2nc(C)cc(-c3ccc(N(C)C4C=CC(C)CC4)cc3)n2)c1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10473 CC1CCC(N(C)c2ccc(-c3nc(N)nc(Nc4cc(F)cc(F)c4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10474 CC1C=CC(N(C)c2ccc(-c3nc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)ncc3-c3nnn[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10475 CC1C=CC(N(C)c2ccc(-c3cc4cnccc4cc3OCC3CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10476 CC1CCC(N(C)c2ccc(-c3nc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)nc4[nH]c(=O)ccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 5K0M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10477 CC1CCC(N(C)c2cc(-c3cc(NS(C)(=O)=O)ccc3C(F)(F)F)c(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10478 CC1CCC(c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC(=O)NC1=O AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10479 Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2C(=O)O)cc1N(C)C1CCC(C)CC1 AlphaDrug 5K0M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10480 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3ccc(C(F)(F)F)cc23)cc1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10481 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc4ccccc4c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10482 N#Cc1nc(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)c2cc(N3CCCCC3)ccc2n1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10483 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10484 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3ccc(N4CCOCC4)cc23)cc1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10485 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)nc3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc23)cc1 AlphaDrug 6HHR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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