Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10396	O=C(NC(O)c1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1C(F)(F)F)c1cccc2ccccc12	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10397	CC1CC2OC(C)(CO1)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10398	CC1CC(C)N(c2cc(-c3cnc(N)c(-c4ccc(N5CCCCC5)cc4)n3)ccn2)CCN1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10399	Cc1cc(CCNC(=O)c2ccc(-c3cc4c(C(F)(F)F)cc(C(C)(C)C)cc4[nH]c3=O)cc2)no1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10400	COC1C(C)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10401	CC(CC(=O)Nc1ccc(-c2ccc3c(N)cccc3n2)cc1)c1ccc(-c2cnn(C)c2)cc1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10402	CC1C=CC(C(=O)Nc2cc(Cl)cc(Nc3cc(C(F)(F)F)nc(-c4cnccn4)n3)c2)N1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10403	CC1CC(C)C(C(=O)c2c(O)cc(O)c3c(O)cccc23)N1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10404	CC(/C=C(\C=N)C(=O)Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCC(NC(=O)c2cc3cc(C(=O)O)ccc3o2)CC1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10405	Cc1cc(NC(C)C2CCC(C(=O)O)N2)nc2ccccc12	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10406	CC1CC(C)C(C(=O)c2c(O)c(O)cc(O)c2OC(F)(F)F)N1	AlphaDrug	5Z66	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10407	CC(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCN(c3ncnc4cc(-c5ccccc5)ccc34)C2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10408	CC(C)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10409	CC(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCN(c3n[nH]c4cc(C(=O)NO)ccc34)C2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10410	CC(C)c1ccc(C(=O)NC2CCCCN(c3ncnc4ccc(C(N)=O)cc34)C2)cc1	AlphaDrug	4PVX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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