Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10366	COc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)cc(OCC2CC=CC(N(C)C)CC2)c1O	AlphaDrug	5LJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10367	Cc1ccc(-c2cc(C3CCCCC3C(=O)F)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C(F)(F)F)ccc43)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10368	Cc1ccc(-c2cc(C3CCN(C(=O)N4CCN(C)CC4)CC3)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C(F)(F)F)ccc43)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10369	CNC(=O)N1CCC(c2cc(-c3ccc(C)cc3)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C(F)(F)F)ccc43)c2)CC1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10370	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3ccc(C(=O)O)cc3)cc(-c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10371	Cc1ccc(-c2cc(-n3c(C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)nc4cc(C(C)(C)O)ccc43)cc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10372	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C(F)(F)CC5CC5)ccc43)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10373	Cc1ccc(-c2cc(C3CCN(C(=O)NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C(F)(F)F)ccc43)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10374	Cc1ccc(-c2cnc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c(-n3cccc3)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10375	Cc1ccccc1N1CCN(C(=O)C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)N4CCCC4)CC3)CC2)CC1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10376	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)N3C=CN(C)CC3)cc(-n3c(C4CCCCC4)nc4cc(C(F)(F)F)ccc43)c2)cc1	AlphaDrug	5YQX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10377	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(C(=O)NC(CO)C(=O)O)cc4)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10378	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(C(=O)NC(C)C(=O)O)cc4)n3)ccc21	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10379	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(C(=O)NC(C)O)c(F)c4)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10380	CCCc1cc(C(=O)O)nc(-c2ccc(CN3CCCCC3)cc2)n1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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