Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10381	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3nc4cccc(C(=O)N(C)C)c4s3)ncc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10382	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccnc(OC)c4)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10383	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(C(=O)NC(C)C(=O)O)cc4)n3)ccc21	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10384	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(C)cc4F)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10385	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4ccc(F)cc4)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10386	CCOC(=O)CN1CCc2nc(Nc3ncc(F)c(-c4cnc5[nH]ccc5c4)n3)ccc2C1	AlphaDrug	5KA9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10387	CCC1=C(c2cccc(C(O)(c3ccccc3)c3cccc4ccccc34)c2)C(=O)C(C(C(N)=O)c2ccccc2)c2ccccc21	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10388	CCC1=C(c2cccc(C(F)(F)F)c2)C(=O)C(C(C(N)=O)c2ccccc2)c2ccccc21	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10389	CCC1=C(c2cccc(C(O)O)c2)C(=O)C(C(C(N)=O)c2ccccc2)c2ccccc21	AlphaDrug	6ARO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10390	O=C(NCc1ccc2ccccc2c1)NC1CCC(NC(=O)C(O)c2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2C(F)(F)F)CC1	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10391	O=C(NCc1cccc2ccccc12)c1ccccc1-c1nc2cc(Cl)cc(N3C(O)CCC3CO)c2[nH]1	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10392	CCc1ccc2c(C(=O)/N=C/c3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3O)cn(CC(=O)O)c2c1	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10393	O=C(NCc1cccc2ccccc12)NC1CCC(NC(=O)C(O)c2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2C(F)(F)F)CC1	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10394	CCc1sc(-c2ccc3c(C)cc(C(=O)O)cc3c2)nc1C(C)(C)C(=O)O	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10395	CCc1cnc(-c2cc(C(=O)C(O)N3CCC(c4ccccc4)CC3)c3ccccc3c2C(=O)NCC(=O)O)o1	AlphaDrug	6ARO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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