Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
91	CC(C)c1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccncn2)cc1OC(=O)CN1CCC(c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
92	CC(C)(C)c1ccc(C(=O)N(C(=O)O)C(Cc2ccc(O)cc2)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
93	CC(C)(C)C1CCCCN1C(=O)CCc1ccc(-c2ccc(N(O)Cc3ccccn3)cc2)cc1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
94	CC1(C)CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CCN1c1ccc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3OCC(=O)O)cs2)cc1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
95	CC(C)C1CN(C(=O)O)CCN1c1ccc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cs2)cc1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
96	CC(C)(C)c1cccc(-c2nc(C(=O)O)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)o2)c1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
97	CC(C)(C)c1ccc(C2CCN(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
98	CC(C)(C)c1cc(-c2nnn(CC3CCCCC3)c2C(=O)NCC(=O)O)cc(N)c1O	AlphaDrug	5O9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
99	COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1cccc2cc(N3CCN(c4nc5ccccc5n4-c4ccc(C)cc4)CC3)c(OC)cc12	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
100	COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1ncnc2cc(-c3ccc(C)cc3)c(OC)cc12	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
101	COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1ncnc2cc(-c3ccc4c(c3)CCNC4)c(OC)cc12	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
102	COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1ncnc2cc(-c3ccc(O)cc3)c(OC)cc12	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
103	COc1cc2sc(C)c(C(=O)Nc3ccc(C)c(C)c3)c2cc1C#CCN1CCN(C)CC1	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
104	COc1cc2cn[nH]c2cc1-c1ccc2c(c1)CN(C(=O)C(C)(C)C)CC2	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
105	NC(=O)c1ccc(Oc2ccc(N3CCN(C(=O)c4cnn(Cc5ccccc5)c4)CC3)c3ccccc23)c2ccccc12	AlphaDrug	4OAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

91 to 105 of 73725 items. Total 4915 pages.