DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
106 COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1ccnc2cc(-c3ccc(C)cc3)c(OC)cc12 AlphaDrug 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
107 C#Cc1cc(-c2cc3ccnc(Nc4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)c3cc2OC)cc(N)n1 AlphaDrug 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
108 COc1cc(S(N)(=O)=O)ccc1Nc1ncnc2cc(-c3ccc(C)nc3)c(OC)cc12 AlphaDrug 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
109 CC1CCN(CCOc2ccc(-c3ccccc3)cc2)C1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
110 CC1CCN(c2cc(C(=O)NCc3cnc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)o3)cc(-c3ccc4ccccc4c3)c2)CCO1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
111 CC1(C)CCN(c2cc(COc3ccc4ccc(OCc5ccccc5)cc4c3)cc(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c2)C1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
112 CC1(C)CCN(c2cc(COc3ccc4ccc(O)c(OCc5ccccc5)c4c3)cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3Cl)c2)C1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
113 CC1(C)CC(C(F)(F)F)CCN1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C3(C(F)(F)F)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
114 Cc1cc(C(=O)NCc2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc(N2CCC(C)(C)C2)c1OCC(F)(F)F AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
115 Cc1cc(C(N)=O)ccc1-c1cc(COc2ccc3ccc(OCc4ccccc4)cc3c2)cc(N2CCC(C)(C)C2)c1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
116 CC1(C)CCN(c2ccnc(NCc3ccc(OC(F)(F)F)c(OC(F)F)c3)n2)C1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
117 Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1ccc(-c2ccc(-c3cc(COc4ccc5nc(NS(C)(=O)=O)c(N)nc5c4)cc(N4CCC(C)(C)C4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
118 CC1CCCCN1Cc1ccc2nc(-c3ccc(OCCC4CC4)cc3)[nH]c2c1 AlphaDrug 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
119 COC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(CO)NC(=O)Cc3ccccc3)cc2-c2ccccn2)cc1 AlphaDrug 6JAP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
120 COC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

106 to 120 of 73725 items. Total 4915 pages.