DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
151 COCc1cccc(COCC(OC)c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)c1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
152 COC(CN1Cc2cc(-c3cnc(N4CCOCC4)nc3)ccc2C1=O)c1ncc(C)cn1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
153 COC(CN1Cc2cc(-n3c(NC(C)c4ccc(Cl)cn4)nnc3C3CCCC3)ccc21)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
154 COC(CN1Cc2cc(-c3cnc(NCc4ccc(F)cc4)nc3)ccc2C1=O)c1ncc(C)cn1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
155 COC(COCc1cc(F)cc(F)c1)NC(=O)N(Cc1ccc(C#N)cc1)c1nc2ccc(F)cc2n1C1CC1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
156 COC(CO)CNC(=O)c1ccc(-c2noc(-c3ccc(CO)c(C)n3)n2)cc1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
157 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(C4CC4)o3)c2)cc1-c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 5F2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
158 Cc1ccc(-n2nc(-c3ccc(C(=O)O)s3)cc2NCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
159 Cc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(CC(=O)O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
160 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NS(C)(=O)=O)cc3Cl)CC2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
161 Cc1ccc(C(=O)Nc2cc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)sn2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
162 Cc1cc(OC2CCCCCC2C)cc2c(C(=O)NCCC(C)(C)N)noc12 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
163 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2cccc(OCC(=O)O)c2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
164 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(F)c(NC3CCCCCC3)cc2C(=O)NCC(F)F)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
165 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CN(c3ccc4c(c3)c(C3CC3)cn4C)CC2)cc1 AlphaDrug 6QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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