DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
181 CC(C)Cc1c(C(=O)O)noc1-c1cccc(C2(O)CCC2)c1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
182 CC(C)Cc1c(-c2ccc(F)cc2)n[nH]c1C(=O)NCCCCCCC(N)CP(=O)(O)O AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
183 CC(C)Cc1c(-c2ccccc2)noc1-c1cccc(C2CCN(C(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
184 CC(C)Cc1c(-c2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)noc1-c1cccc(C2C=CN(C(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
185 CC(C)Cc1cc(-c2ccc(F)c(N)c2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
186 CC(C)Cc1c(-c2ccccc2)noc1-c1cccc(C2CCN(C(N)=O)CC2)c1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
187 CC(C)Cc1c(C(=O)O)noc1-c1cccc(C2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c1 AlphaDrug 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
188 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCc4ccccc4)cc3)cn2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
189 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4ccccc4C(=O)NO)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
190 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4ccccc4Cc4cnc[nH]4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
191 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4cc(-c5ccc(F)cc5)nc(N)n4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
192 CN1CCN(c2ccc(-c3ccccc3)nc2Cc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
193 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4ccc(Cl)cc4)C3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
194 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4ccccc4Cc4c[nH]c5ccccc45)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
195 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCN(c4ccccc4Cc4ccc(NC(=O)C5CCCCC5)nc4)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 5KBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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