DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
241 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3c(C)cccc3c2)c2cccc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
242 COc1ccc(C(C#N)OC(=O)c2ccc3c(C)cccc3n2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
243 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3ccccc3c2)C2C(O)C(=O)C3C2C(=O)N3C)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
244 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3c(N)n[nH]c3c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
245 COc1cc(NC2CCCCC2)ccc1-c1ccncc1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
246 COc1cc(NC2CCCCC2)ccc1-n1cnc2cc(C(CO)C(F)(F)F)sc21 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
247 COc1cc(OC)c(OCCN2CCC(Oc3ccc(C(=O)NC4CCCCC4N)cc3)CC2)c(OC)c1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
248 COc1cc(NC2CCCCC2)ccc1-n1cnc2cc(C)cc(N)c21 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
249 COc1cc(NC2CCCCC2)ccc1-n1cnc2cc(-c3ccccc3)sc21 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
250 COc1cc(NC2CCCCC2)ccc1-n1c(N)nnc1-c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
251 COc1cc(NCC2CCN(c3ncnc4cc(-c5ccnc(N)n5)ccc34)CC2)ccc1N1CCC2(CCCCC2)CC1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
252 COc1ccc2nc(-c3ccc(OCCCC4CCCCC4)cc3)[nH]c(=O)c2c1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
253 COc1cc(NCC2CCN(c3ncnc4cc(-c5ccnc(N)n5)ccc34)C2)ccc1OCCCN1CCCC1 AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
254 COc1cc(C(=O)N2CCCC(Nc3cc(OC)c(OC)c(OC)c3)CC2)ccc1OC(C)C AlphaDrug 4MUL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
255 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)nc(Nc3ccc(C(=O)/N=C/CCO)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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