Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
301	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
302	Cc1c(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)cc2ccccc2c1/C=C/c1ccc(O)c(C(=O)Nc2ccccc2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
303	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(F)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
304	Cc1c(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)cc2ccccc2c1/C=C/c1cccc(Oc2ccccc2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
305	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(/C=C/c3cccc4cn[nH]c34)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
306	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccnc(N)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
307	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(C4CCC4)cc3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
308	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCCC(=O)NO)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
309	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCC4CCCC4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
310	Cc1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
311	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccccn4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
312	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCC4)c(F)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
313	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccc(F)cc4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
314	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(-c3cccc(OC4CCCNCC4)c3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
315	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOCc4ccccc4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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