Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
286	Cc1ccc(O)cc1-c1cc(C2CCCCC2)nc(SCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)n1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
287	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
288	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCCC4(CC3)C(=O)NC4(C)C)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
289	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCCN(C4CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
290	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCCCC(=O)NO)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
291	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)ccc2C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
292	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3cccc(NC(=O)c4ccc(N5CCNCC5)cc4)c3)cc3c(N)n[nH]c(=O)c23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
293	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OC4CCCC4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
294	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(-c3ccc(C4CCN(C(=O)O)CC4)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
295	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCC4(CC3)CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC4)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
296	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(-c3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(c5ccc(Cl)cc5)CC4)cc3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
297	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc3ccccc3c(/C=C/c3ccc(O)c(Cl)c3)c2O)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
298	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCC4(CC3)CN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3)C4)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
299	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc4c(c3)C(c3ccccn3)CO4)cc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
300	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccccc4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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