DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
226 CC(C)CC(NC(=O)C(CC(F)(F)F)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(C)C)C(=O)O AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
227 Cc1sc(-c2ccc(C)c(=O)[nH]2)nc1-c1ccccc1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
228 CC(=O)n1c(NC(C(=O)NCC(C)C)C(O)Cc2ccccc2)nnc1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
229 CC(C)(C)OC(=O)N1CCCC1C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCCCc1ccccc1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
230 CC(=O)n1cc(-c2cc3c(C)c(O)c(O)cc3o2)cn1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
231 Cc1cccc(C)c1C(=O)NC(=O)C1CC=CCC1C(=O)NC1(C)CCCCC1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
232 CC(C)CC(NC(=O)C(CC(F)(F)F)C(=O)NCC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCCC1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)N1CCCC1)C(=O)O AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
233 Cc1nc(C)c(NC(=O)C(=O)NCCCCCCCC(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O)s1 AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
234 CC(C)CC(NC(=O)C1CCCN1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 4XTX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
235 COc1ccc(C(OCc2cccc(Cl)c2)C2CCC(C(=O)NO)N(C)C2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
236 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3c(C)cccc3c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
237 COc1ccc(C(OC(=O)C2CCCCC2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
238 CCc1cccc(C(=O)OC(c2ccc(OC)cc2)c2ccc(OC)cc2)c1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
239 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3c(C)cccc3n2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
240 COc1ccc(C(OC(=O)c2ccc3c(C)cccc3c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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