DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
256 CSc1ccc(OCCOc2ccc(CCC(=O)Nc3ccc(CC(=O)N(C)c4ccccc4)c(F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
257 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CC3(C)C)cc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
258 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC23CC2(CC(=O)N2CCCCC2)O3)cc1 AlphaDrug 4RLW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
259 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4ccc(-c5ccc(-c6ccc(C(=O)O)cc6C(=O)O)cc5)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
260 Cc1ccc(-c2ccc3c(OC4CCCCC4)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(C)cc4)nc3c2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
261 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)nc(Nc3ccc(N4CCOCC4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
262 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
263 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
264 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC(=O)NC3CCN(Cc4ccccc4)C3)cc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4RLW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
265 COc1ccc(N2CCC(Cc3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(=O)O)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
266 COc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(=O)Nc4ccc(Cl)cc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
267 COc1ccc(N2CCN(c3ccc(-c4ccc(C(=O)N5CCC(NS(C)(=O)=O)CC5)cc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
268 COc1ccc(N2CCN(c3ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c4ccccc4)cc3F)CC2)cc1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
269 COc1ccc(N2CCN(c3ccc(Cl)cc3C(=O)NC3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
270 COc1cccc(Nc2cc(C(C)C)ccc2C(=O)NC2CC(OS(C)(=O)=O)C2)c1 AlphaDrug 6QMK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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