Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
331	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OC4CCC4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
332	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
333	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)O)c(F)c3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
334	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccc(O)cc4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
335	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2ccc(F)c(C3CCCC4(CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC4)C3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
336	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
337	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc3c(SCc4ccc(C(=O)O)cc4)cccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
338	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
339	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(/C=C/c3ccc(O)c(O)c3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
340	Cc1ccc(O)cc1C(=O)c1cc(C(=O)O)cc(-c2cccc(Cc3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
341	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
342	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(C#CCC3CCN(S(=O)(=O)c4ccc(O)cc4)CC3)cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
343	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(N3CCN(c4ccc(Cl)cn4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
344	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(/C=C/c3ccc(O)c(N)c3)c3ccccc3c2)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
345	CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccc(C(=O)O)cc4)ccc23)cc1	AlphaDrug	4A9J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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