Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
391	Cc1cccc2[nH]c(C(=O)NC(C)C(=O)NCC(=O)Nc3ccccc3)cc12	AlphaDrug	6D15	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
392	CC(C)CNC(=O)CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C[SiH](C)(C)=O)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccccc1)C(=O)NC(CC(=O)NC1CCCCC1)C(=O)O	AlphaDrug	6D15	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
393	CC(C)NC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)cc(-c3ccccc3)c2)CC1	AlphaDrug	6D15	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
394	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
395	CC(C)(C(=O)NCC(=O)O)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
396	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)N1CCC(=C(C(=O)NO)C(=O)N2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
397	CC(C)(C)OC(=O)c1ccc(NC(=O)C(C)(C)C)c(S(=O)(=O)N2CCC(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)c1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
398	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3cc(C(=O)O)ccn3)c2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
399	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(C#N)c2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
400	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(N)=O)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
401	Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1cn(-c2cccc(C3CCN(S(=O)(=O)c4cc(C(=O)O)ccc4NC(=O)C(C)(C)C)CC3)c2)nn1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
402	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCCC(N)C(=O)NC2CCCN(C(=N)N)C2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2ccccc2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
403	CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(Cc2ccc(Cl)cc2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	5ZA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
404	COc1ccc(F)cc1CNC(=O)c1ccc(C(C)Nc2ncnc3c(-c4ccccc4)cccc23)cc1C	AlphaDrug	6ST0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
405	COc1ccc(F)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(C(C)N3CCC(NC(=O)CN4CCCCC4)CC3)cc2)c1	AlphaDrug	6ST0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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