DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
421 CC(C)CCOc1cc(SCC2CCN(C3CCCC3)CC2)ccc1-c1ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5ENG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
422 CC(C)Cc1ccc(-n2c(-c3cc4ccccc4c(=O)[nH]3)nc3cc(C(N)=O)ccc32)cc1 AlphaDrug 5ENG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
423 CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ENG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
424 CC(C)CCOc1cc(SCC2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)ccc1-c1ccc(OC(C)C(=O)O)c(Cl)c1 AlphaDrug 5ENG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
425 CC(C)CCOc1cc(SCC2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)ccc1-c1ccc2c(C(N)=O)cnn2c1 AlphaDrug 5ENG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
426 Cc1ccc(-c2cccc3c(N)ncnc23)cc1C(=O)NC(C)N(C)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
427 CN(Cc1cccc(C(=O)Nc2ccccc2)n1)c1ccnc(N)n1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
428 CNC(=O)c1ccc(-n2nnc3ccc(-c4ccc(-c5cncnc5)cc4)cc32)cc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
429 CN(Cc1cccc(-c2ccc3nc(N)nc(N)c3c2)c1)c1ccc(-c2cnn(C)c2)cc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
430 CN(Cc1cccc(-c2ccc3nc(N)nc(N)c3n2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
431 CN(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)c1cc2nc(N)nc(N)c2cc1Cl AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
432 CN(Cc1ccc(-n2cnc3cc(-c4ccccc4)ccc32)cc1)c1ccc(C(C)(C)O)cc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
433 Cc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1C(=O)NC(C)N(C)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
434 CN(CCNC(=O)c1cc2ccncc2n1C)c1ccc(-c2ccc3nc(N)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
435 CN(CCN1CCN(c2cccc(-c3cnn(C4CC4)c3)c2)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5H1T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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