Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
481	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(O/C3=C/C=C(/C(=O)O)OCCCCCCCCCCCCS/C(c4ccc(F)cc4)=N\CCCCCCCCC3O)CC2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
482	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCN1S(=O)(=O)c1ccc(O)cc1)C1CCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
483	COc1ccc(C(=O)O)cc1OCCCCC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(OCCCCC(=O)O)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
484	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3CCCC3/C=N/S(=O)(=O)/C3=C/C=C4/OCCCCCCCCCC(CCCCCCCC(=O)N3)c3cccccc4ccc3)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
485	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N(c3cccnc3)C3CCCCC3)C2)cc1OC	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
486	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3CCCC3CNS(=O)(=O)c3ccc(O)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
487	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3CCCC3CNS(=O)(=O)/C3=C/C=C(/c4ccc(F)c(O)c4)OCCCCCCCCCCCCCCCC3O)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
488	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(NC(=O)N3CCC4(CCCC4)OCCCCCCCCCC(=O)NS3(=O)=O)CC2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
489	Cc1cc(O)cc(C(=O)N2CCC(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O)CC2)c1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
490	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1C=CN(C(=O)c2cccc(-n3cnnn3)c2)CC1)C1CCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
491	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)C(C)C)CC1)C(=O)N1C=CC(C2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
492	CC(C)COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(O/C3=C/C=C4\C=C/NC(=O)CCCC3C(=O)SCCCCCCCCCCCCCO4)CC2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
493	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)Cc2ccccc2)CC1)C1CCCCCCCCC(=O)N1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
494	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(CC(=O)O)C2C/C2=C/C=C(/c3ccccc3)OCCCCCCCCCCCCCSC(=O)N2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
495	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(C3CCC(NS(=O)(=O)/C4=C/C=C5/OCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(OCC(O)C4)c4cccccc5ccc4)CC3)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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