Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
496	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)C2CCCCCC2)CC1)C(=O)O	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
497	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C2CCCC2)CC1)C1CCCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
498	COc1ccc(C(C)CCc2ccc3ccccc3c2)cc1C(=O)NC1CCN(C(=O)NCC(C)C)CC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
499	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3CCCC3CNS(=O)(=O)/C3=C/C=C(/c4ccc(O)c(O)c4)OCCCCCCCCCCCCCCCC3O)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
500	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)C2CCCCC2)CC1)C1CCCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
501	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3n2)CC1)C(=O)O	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
502	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(/C3=C/C=C(/c4ccc(O)cc4)OCCCCCCCCCCCCCCCSC(=N)C(C4CCC(O)C4)C3)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
503	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3CCCC3CNS(=O)(=O)/C3=C/C=C(/c4ccccc4)OCCCCCCCCCCCCCCCC3O)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
504	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)c2cccc(-c3cccnc3)c2)CC1)C(=O)O	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
505	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)Cc2c[nH]c3ccccc23)CC1)N1CCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
506	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(C3CCN(C(=O)C4CCCN4C(=O)CCc4c[nH]c5ccccc45)C3)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
507	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3n2)CC1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
508	CC(C)Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(N3/C=C\C(C(=O)O)CC(=O)NCCCCCCCCCCCCCCSSC(=N)NC3=O)C2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
509	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(O/C3=C/C=C(/C(=O)O)OCCCCCCCCCCCCS/C(c4ccc(F)cc4)=N\CCCCCCCCCC3O)CC2)cc1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
510	CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3n2)CC1)N1CCCC1	AlphaDrug	3B6H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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