DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
556 O=C(NO)c1ccc(Cc2nc(N3CCOC3)ncc2-c2ccc(C3(O)CCN3)cc2)cc1 AlphaDrug 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
557 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1)c1ccc(C2(O)CCNC2)cc1 AlphaDrug 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
558 COc1ccc(NC(=S)NCCCCOc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
559 COc1cccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
560 COc1cccc(-c2cc(Nc3ccc4ncc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc4n3)ccc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
561 COc1cccc(C(/C=C/C(=O)O)c2ccc(C(C)(C)C(=O)NC(Cc3c[nH]c4ccccc34)C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
562 COc1cccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC2CCCCC2NC(=O)NC(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
563 COc1cccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
564 COc1cccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
565 COc1cccc(-c2cc(Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)c3ccccc3c2)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
566 COc1cccc(-c2ccc(NC(=O)C3=C(c4ccccc4)C(=O)NC3=O)c(OC)c2)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
567 COc1cccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NCCCCCCCCCNC(=O)C(=O)O)c1 AlphaDrug 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
568 Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1-n1ncc(C(=O)O)c1NC(=O)NCc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
569 Cc1nc(Nc2ccc(Cl)c(Cl)c2)nn1Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
570 Cc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)[nH]c(=O)[nH]c2ccc(ccn1)Oc1cc(NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc1-2 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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