DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
571 Cc1cc(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c2nnn(-c3ccc(N4CCN(C5CC5)CC4)cc3)c2c1N AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
572 COC(=O)N(C)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(C(N)CN4C(=O)Cc5cc(C)ccc54)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
573 Cc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(OCC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5CT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
574 Cc1ccc(O)cc1NC(=O)c1cc(NC2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
575 CC1(C)CC(Nc2ccc(-c3ccc4c(N)n[nH]c4c3)cc2)CC(C)(C)N1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
576 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c2nc(-c3ccc(F)cc3)cnc2c1 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
577 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc3ccccc3n2)cn2c(-c3ccc(Cl)cc3)cnc12 AlphaDrug 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
578 CS(=O)(=O)c1cccc(CNc2ncnc3cc(-n4cncn4)ccc23)c1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
579 CC(C)CC1CCC(C2C=CCCC2)CN1C(=O)S(=O)(=O)c1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
580 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2oc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2C2CCNCC2)c1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
581 CS(=O)(=O)c1cccc2c1ccn2C(=O)C(CC(=O)NC1CCCCC1)NC(=O)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
582 CS(=O)(=O)c1cc(/C=N/c2ccc(C(F)(F)F)cc2)nc(NC2CCCCCC2)n1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
583 CS(=O)(=O)c1cc(OCC(F)(F)F)ncc1-c1ccc(OC(F)F)cc1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
584 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2oc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2C(=O)/N=C/c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
585 Cc1c(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc2sc(-c3cccc(S(C)(=O)=O)c3)cc12 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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