DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
631 CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
632 CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2C(F)(F)F)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
633 CC(C)OC(=O)Nc1cc(/C2=C/C=C3/C(=O)NC4CC(C2)CC3C4)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
634 CC(C)C(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(C)(C)N)o2)cc1)C(=O)NCCc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
635 CC(C)OC(=O)Nc1cc(S(=O)(=O)CCC(C)(C)C)ccc1CN1CCC(NC(=O)c2cc3ccccc3o2)CC1 AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
636 CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc3ccn(CC4CCCCC4)c3c2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
637 CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc3c(c2)C(=O)CCCC3)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
638 CCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C)c(C)c3)c3ccc(OC)cc3n2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
639 CCC(=O)N1CCN(c2ccc(-c3nc(C(N)=O)nc4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
640 CCC(=O)N1CCN(c2ccc(-c3nc(SCCN)nc(C4(c5ccccc5)CCCCC4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
641 CCC(=O)N1CCN(c2ccc(-c3ncnc4cc(C(C)(C)C)sc34)cc2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
642 CCC(=O)N1CCN(c2cccc(-c3nc(C4CCN(c5cccc(Cl)c5)CC4)no3)c2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
643 CCC(=O)N1CCN(c2ccc(-c3ncnc(OC)c3C)cc2)CC1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
644 CC(NC(=O)c1ccc(O)c(-c2ccc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(N)=O)cc2)c1)c1ccccc1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
645 CCCCCC(C)NC(=O)c1ccc(C)c(C(=O)NCc2ccc(C)c(-c3ccc(C)c(NCCCC)c3)c2)c1 AlphaDrug 4KZ7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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