DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
691 CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccncc2c1)NC(=O)C1CCC(NC(=O)c2ccccn2)CC1)C(=O)O AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
692 Cc1ccc(CC(NC(=O)C2CCCN2c2cccc(Cl)c2)C(=O)NC(C)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
693 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C1CCCN1c1ccccn1)C(=O)O AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
694 CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C[SiH](C(N)=O)c1ccccc1)NC(=O)c1cc2cccc(Cl)c2[nH]1)C(=O)O AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
695 CC(NC(=O)C(Cc1ccc2cc(O)ccc2c1)n1cnnc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
696 CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C1CCCN1c1ccccn1)c1ccccc1 AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
697 CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C1CCC(C)(C)C1)C(=O)O AlphaDrug 6QE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
698 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3Cl)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
699 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc4ccccc4c3)nc3ccc([N+](=O)[O-])cc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
700 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc4ccccc4c3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
701 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nn2C2CC2)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
702 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(N3CCCCC3)nc3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
703 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
704 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(C3CCCCC3)nc3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
705 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3ccc(C(F)(F)F)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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