DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
721 Cc1ccc(N2CCOCC2)cc1Nc1ncc2c(C(C)C)cc(C(=O)O)cc2n1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
722 CC(C)Nc1nccc(Nc2ncc3c(C(C)C)cc(-c4ccc(-c5ccccc5C(F)(F)F)cc4)cc3n2)n1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
723 CC(C)c1cc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc2nc(Nc3ccnc(N)c3)n(C3=CCCCCC3)c12 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
724 Cc1ccc(-c2cc(Nc3ccc(N4CCN(S(=O)(=O)C5CCCCC5)CC4)cc3)ncc2F)cc1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
725 Cc1ccc(C(=O)O)cc1NC(=O)c1cc(C(C)C)c2[nH]c(C3CC3)nc2c1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
726 CC(C)c1cc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)cc2nc(-c3c(Cl)cccc3Cl)[nH]c12 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
727 CC(C)Nc1nccc(Nc2ncc3c(C(C)C)cc(-c4cnn(CC(O)C(F)(F)F)c4)cc3n2)n1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
728 Cn1cc(-c2cnc3ccc(C(C)(C)C#N)cc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
729 Cn1cc(-c2ccc(Cn3cnc4ccccc43)c3ccccc23)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
730 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)NCC(O)(c4cnn(N=C5CC5)c4)C(F)F)ccc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
731 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)NCc4ccc(Cl)cc4)ccc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
732 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)Nc4cnccn4)ccc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
733 Cc1ccc(-c2cnn(C)c2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(C#N)cc1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
734 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)Nc4cccc5ccccc45)ccc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
735 CC1CCC(N(C)CCN2CCC(c3cncnc3C#N)CC2)CCN1c1ccncc1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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