DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
736 Cn1cc(-c2ccc(Cn3cnc4ccccc43)cc2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
737 Cn1cc(-c2ccc3cc(C(=O)Nc4c(Cl)cccc4C#N)ccc3c2)cn1 AlphaDrug 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
738 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cnc(C(CO)C(F)(F)F)c4[nH]c(=O)[nH]c34)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
739 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc(-c5ccccc5)cc4)c4ccccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
740 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)c4ccc(C(=O)O)cc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
741 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cnc(C4(c5ccc(Cl)cc5)CCCCC4)c(=O)[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
742 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(N)=O)ccc3OC(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
743 CN1CCC(N2CCC(c3cn4ncc(C(=O)NCCO)c4cc3-c3ccc(F)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
744 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)c4ccccc4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
745 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)c4ccc(OC(F)(F)F)cc4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
746 CN1C=CC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)c(C(=O)O)cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
747 CN1CCC(Oc2ccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)c4sccc4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4ZL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
748 COc1cc2ncc(C(=O)N3CCCC3)c(Cl)c2cc1OCC1CCCCC1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
749 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(C)cc2)cc1CCC(=O)NS(=O)(=O)c1nccc2ccccc12 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
750 COc1cccc(NC(=O)c2ccc(C)cc2)c1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

736 to 750 of 73725 items. Total 4915 pages.