DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
781 Nc1nc(-c2ccc(-c3ccc(Cn4ccnc4)cc3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
782 Nc1nc(C(F)(F)F)nc2ccc(-c3cncc(C(F)(F)F)c3)nc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
783 Nc1nc(-c2ccccc2)nc2ccc(-n3cnc4ccccc43)cc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
784 Nc1nc(-c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
785 Nc1nc(C(=O)NCCCCCCC(=O)Nc2ccccc2)nc2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cn3)cc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
786 Nc1nc(-c2ccc(-c3ccc(-c4cccnn4)cc3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
787 Nc1nc(-c2ccc(C(=O)NCCCCC(=O)O)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
788 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3cc(Cl)n[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
789 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3nc4cc(-c5ccc(Cl)cc5)ccc4o3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
790 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3nc4cc(-n5ccnc5)ccc4n3-c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
791 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(N(c3ccc(Cl)cc3)c3ccnc4cc(Cl)ccc34)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
792 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3nc4cc(C(=O)O)ccc4n3Cc3ccncc3)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
793 Cn1c(C2CCN(Cc3ccc(C(N)=O)c4ccccc34)CC2)nc2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc21 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
794 Cn1c(C2CCN(C/C3=C/C=C(/C(N)=O)CS(=O)(=O)c4ccccc43)CC2)nc2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc21 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
795 NC(=O)c1cc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)sc1C(=O)O AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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