DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
796 NC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3ccnc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5O9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
797 CC(C)CC(NC(=O)OC1CC=CCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc2c(c1)NC(=O)CCCCC2 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
798 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cn(C2CCCCCC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
799 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1ccccc1)Nc1nc2ccccc2s1 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
800 CC(C)CC(NC(=O)C(O)C(Cc1ccccc1)C(CC(C)C)NC(=O)OC1CCCCCC1)C(=O)O AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
801 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc2c(c1)c1cc(Cl)ccc1n2C AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
802 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(CC1CCCC1)Oc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
803 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
804 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1cccnc1)C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
805 CC(C)CC(NC(=O)OC1CC=CCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cc([N+](=O)[O-])cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
806 CC(C)CC(NC(=O)OC1CCCCCC1)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cn(CC(C)C)c2ccccc12 AlphaDrug 5NK6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
807 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cnc(OC)c(C)c3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
808 Cc1ccc(NC(=O)NC2CCC(c3ccc4nc(C)n(C(C)C)c4c3)C2N)cc1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
809 CSc1nc2ccc(-c3nnc(NC(=O)C4CCCCC4)nc3NC3CCCCCC3)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
810 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3cnc(-c4ccccc4)nc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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