DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
811 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(S(C)(=O)=O)c(Cl)cc2C(=O)NCCCCCCC(=O)O)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
812 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(C)c3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
813 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
814 CC1CN(c2ccc(NC(=O)N3CCC(NC(=O)c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)CC3)nc2)CC(N)C1O AlphaDrug 5JSS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
815 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(C)c2O)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
816 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3ccccc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
817 O=C(NCC(O)C1C=CCCCC1)c1ccc(Nc2nc(C3CC3)nc3cc(O)ccc23)nn1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
818 O=C(NCC(O)C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(Nc2nc(N3CCCC3)nc3cc(O)cnc23)cc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
819 O=C(NCC(O)C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(Nc2nc(N3CCNCC3)nc3cc(O)cnc23)cc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
820 O=C(NCC(O)C1CCCCCC1)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3cccnc23)cc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
821 O=C(NCC(O)C1CCCCCC1)c1ccc(Nc2nc(C(F)(F)F)ncc2C2CCCCC2)nc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
822 O=C(NCC(O)C(=O)NCc1ccc(F)cc1)c1ccc(N2CCNCC2)nc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
823 O=C(Nc1cc(C(=O)NC2CCCC(O)CC2)ccc1O)NC1CCCN(c2ccc(O)cc2)C1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
824 O=C(NCC(O)C1CCCCCC1)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3ccccc23)nc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
825 O=C(O)COc1ccc(OC2CCC(O)CC2)cc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

811 to 825 of 73725 items. Total 4915 pages.