DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
826 O=C(/N=C/C(O)c1ccccc1)c1ccc(Nc2nc3cc(C(F)(F)F)ccc3[nH]2)nc1 AlphaDrug 5MEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
827 NC(=O)c1ccc(-c2ccc3nc(C(=O)NCC4CC4)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
828 NC(=O)c1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
829 NC(=O)c1ccc(CNC(=O)c2cccc(-c3ccccn3)c2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
830 NC(=O)c1ccc(C2CCCN2C(=O)Cn2cc(-c3ccc4nc(Cc5ccccc5)ncc4c3)cn2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
831 NC(=O)c1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(-c4ccc(F)cc4)n3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
832 NC(=O)c1ccc(-c2ccn(C(=O)Nc3ccc(OC4CCCCC4)c(Cl)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
833 NC(=O)N1CCc2cc(-c3[nH]c(-c4cccc5[nH]c(-c6ccccc6)cc45)nc3C(F)(F)F)ccc21 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
834 NC(=O)c1ccc(-c2[nH]c(-c3ccccc3)nc2C(=O)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
835 NC(=O)c1ccc(-c2[nH]c(-c3ccccc3)nc2C(=O)NC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
836 NC(=O)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(OCCC3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
837 CC(C(=O)N1CCN(c2cccc(NS(=O)(=O)C3CC3)c2)CC1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
838 CC(C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(-c2cncc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
839 CC(C(=O)N1CCN(c2ccc(Cl)cc2)CC1)c1cnn(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
840 Cc1ccccc1N1CCN(C(=O)C(C)c2cncnc2N)CC1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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