DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
766 COc1cccc(CC(N)CNC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
767 COc1ccc2[nH]c(C(=O)NC3CC(CN4CCCC4)C3)cc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
768 CC(C)(C)C(=O)N1CCC(C2NC(=O)c3[nH]c(-c4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)cc4)nc32)CC1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
769 CC(C)(C)C(=O)N1C=CC(C2CNC(=O)c3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc32)CC1 AlphaDrug 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
770 CC(C)(C)C(=O)N1CCC(C2CNC(=O)c3ccc(-c4ccc5c(c4)OCCO5)cc32)CC1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
771 CC(C)(C)OC(=O)NCc1ccc(-c2ccc3c(c2)C(C2CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC2)CNC3=O)cc1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
772 CC(NC(=O)c1cc(CCCC(=O)O)ccc1NC(=O)c1ccc(C(=O)NC(C)(C)C)cc1)c1cnc(C(C)(C)C)s1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
773 Nc1nc(-c2ccc(C(=O)NC3CC3)cc2)nc2c1cnn2-c1ccc(N2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
774 CC(C)(C)C(=O)Nc1cc(-c2c[nH]c3ccc(-c4ccc(C(=O)NC(=O)NC5CCCN(c6ccc(F)c(F)c6)C5)cc4)cc23)ccn1 AlphaDrug 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
775 CC(C)(C)NC(=O)N1CCC(Oc2cc(-c3nc(Nc4ccc(NC(=O)C(C)(C)C)cc4)ncc3F)ccc2F)CC1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
776 CC(C)(C)CNC(=O)Nc1cc(-c2ccc3c(c2)CC(C2CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC2)CNC3=O)ncn1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
777 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccc(OC3CCNCC3)c(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
778 Nc1nc(-c2ccc(C(=O)NCCc3ccccc3)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
779 Nc1nc(-c2cccc3[nH]ccc23)ncc1-c1ccc(CNc2cc3[nH]ccc3c(N)n2)cc1 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
780 Nc1nc(-c2ccc(-c3ccc(N4CC=NCC4)cc3F)cc2)nc2ccccc12 AlphaDrug 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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