DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
706 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nc(N3CCCC3)nc3ccc(C(F)(F)F)cc23)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
707 NS(=O)(=O)c1ccc(NC(=O)c2cc(C(F)(F)F)nc(N3CCCCC3)n2)cc1 AlphaDrug 4CWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
708 OC(Cc1cccc(Cl)c1)CN1CCC(c2ccc3cccc(C4CCC4)c3c2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
709 OC(Cc1ccc2ccccc2c1)CN1CCC(c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
710 OC(Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1)CN1CCC(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
711 O=C(c1cccnc1)N1CCC(C(O)CN2CCC(c3ccc4ccccc4c3)CC2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
712 O=C(NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccccc1)c1ccc(N2CCCC(O)C2)cc1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
713 OC(CCN1CCC(c2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc2)CC1)C(F)(F)F AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
714 O=C(NCc1cccc(-c2ccc(F)cc2)c1)C(O)CN1CCC(c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
715 OC(CN1CCC(c2ccc3ccccc3n2)CC1)C1CCC(N2Cc3cnc(-c4ccccc4)cc3C2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
716 OC(Cc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1)CN1CCC(c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
717 OC(Cc1ccc2cccnc2c1)CN1CCC(c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
718 Cc1cc(Nc2nc3cc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)cc(C(C)C)c3n2C2CCCC2)ccn1 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
719 CC(C)Nc1nccc(Nc2ncc3c(C(C)C)cc(-c4ccc(-c5ccncc5)cc4)cc3n2)n1 AlphaDrug 5CAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
720 CC(C)c1cc(-c2cccc(Cl)c2)cc2nc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)nn12 AlphaDrug 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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