Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
661	Nc1nccc(Cl)c1-c1ccc(C(=O)C(Nc2ccc(Cl)cc2)C2CCCCC2)o1	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
662	Nc1nccc(Cl)c1-c1ccc(C(Nc2ccncc2)C2CCCCC2)o1	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
663	Nc1nccc(Cl)c1C(=O)c1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)o1	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
664	NCCCC(CNC(=O)c1ccccc1-c1c(Cl)ccnc1N)CC(=O)O	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
665	Nc1nccc(F)c1-c1ccc(C(=O)c2cc(F)ccc2F)o1	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
666	Nc1nccc(Cl)c1-c1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)sc1N	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
667	Nc1nccc(Cl)c1-c1cc(C(=O)NCC(c2ccccc2)c2ccccc2)sc1C(=O)O	AlphaDrug	6DH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
668	O=C(O)C1CCCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc4cccnc34)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
669	O=C(O)C1CCCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]ncc34)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
670	O=C(O)C1C=CCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
671	O=C(O)C1C=CCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(CN(Cc3ccccc3)C(=O)c3ccccc3)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
672	O=C(O)c1ccc(C(=O)NCCCCCC2CCCCN2C(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c(F)c1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
673	O=C(O)C1CCCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N4CCNCC4)c3)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
674	O=C(O)C1CCCCC(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)C1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
675	O=C(CCC(c1ccc(C(=O)O)cc1)C(F)(F)F)NS(=O)(=O)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5MBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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