Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
616	O=C(O)c1cccc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(N4CCOCC4)nc3)CC2)c1	AlphaDrug	4U43	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
617	O=C(O)c1ccc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(N4C=CC(Cc5ccc(O)c(C(=O)O)c5)CC4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4U43	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
618	Cc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4ccc(C(F)(F)F)s4)C3=O)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
619	CC(C)(C)NC(=O)NC(C(=O)O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
620	CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(F)c2)co1)C(=O)O	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
621	Cc1ccc(-c2ccc(CN3CCCC3=O)c(Cl)c2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c1ccc(OC(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
622	Cc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4cc(Cl)cc(Cl)c4)C3=O)cc2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
623	Cc1cccc(C(=O)N2CCc3cc(-c4ccc(C)c(NC(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)O)c4)ccc3C2)c1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
624	Cc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)C3=O)c(O)c2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
625	Cc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4cc(C(F)(F)F)ccc4Cl)C3=O)c(F)c2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
626	CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(=O)O)n2)ccc1C(F)(F)F)C(=O)O	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
627	Cc1ccc(-c2ccc(CN3C(=O)CN(c4ccc(C#N)s4)C3=O)cc2)cc1NC(=O)NC(CC(C)(C)C)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6FAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
628	CC(C)OC(=O)C1C/C2=C/C=C3/CCCCCC(=O)NC3CCCCCC(CCCN2C(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)C(=O)N1	AlphaDrug	6GXE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
629	CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc3ccccc3c2)ccc1C(=O)O	AlphaDrug	6GXE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
630	CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)ccc1Cc1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	6GXE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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