DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
586 CS(=O)(=O)c1cc(Cc2cccc(-c3nnn[nH]3)c2)no1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
587 CS(=O)(=O)c1cccc(-c2oc(C(F)(F)F)cc2C(=O)NCc2ccccc2Cl)c1 AlphaDrug 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
588 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)noc1-c1ccc2c(c1)OCO2 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
589 Cc1ccc(-c2ccc(CC3COc4c(cc(C(=O)NO)c(O)c4O)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
590 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)[nH]c2c1CCC(F)(F)C(O)CCC2 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
591 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)[nH]c2c1C(=O)N(c1cccc(C(F)(F)F)c1)CCC2 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
592 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4)cc3)c2)noc1-c1ccccc1 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
593 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3ccccc3)c3ccccc3c2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
594 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)[nH]c2c1C(=O)N(c1ccccc1)CCCC2 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
595 Cc1c(Cl)c(C(=O)NCc2cccc(NCc3ccccc3)c2)c(C)c2ccccc12 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
596 Cc1c(Cc2cccc(COC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)noc1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
597 Cc1c(Cc2cccc(CNC(=O)C(C)NCc3ccccc3)c2)noc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
598 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(C4(C#N)CCN(C)CC4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
599 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(-c4cccnc4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
600 COc1ccc(CS(=O)(=O)Nc2ccc(C)cc2)cc1-c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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