Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
541	O=C(Oc1ccc(C(=O)n2c(=O)[nH]c(=O)c3cc(-c4cc(-c5ccccc5)ccn4)ccc32)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
542	N#Cc1cc(N2CCN(C(=O)n3c(=O)[nH]c(=O)c4cc(-c5ccc(-c6ccccc6)cc5)ccc43)CC2)ccc1OCCCN1CCOCC1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
543	N#Cc1nc(C(=O)n2c(=O)[nH]c(=O)c3cc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)ccc32)ccc1OC(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
544	O=C(Oc1ccc(C(=O)n2c(=O)[nH]c(=O)c3cc(-c4ccc(-c5ccc6c(c5)OCO6)cc4)ccc32)cc1OCC1CCCCC1)c1ccccc1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
545	O=C1NC(=O)C(C(=O)c2ccc(OC3CCNCC3)c(-c3ccccc3)c2)Nc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc21	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
546	Cc1ccc(N2CCN(C(=O)n3c(=O)[nH]c(=O)c4cc(-c5ccc(-c6ccccc6)cc5)ccc43)CC2)cc1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
547	O=C1Cc2[nH]c(CC3CCN(C(=O)c4ccc(N5CCCC5)cc4)CC3)cc2C(=O)N1	AlphaDrug	5KEJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
548	O=P(O)(O)c1cccc(-c2ccc(-c3cc4ccccc4n3-c3ccc(C4(O)CCN4)cc3)cc2)c1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
549	Nc1ncc2cc(-c3ccc(-c4cc5ccccc5n4-c4ccc(C5(O)CCN5)cc4)cc3)ccc2n1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
550	OC1(c2ccc(-n3c(-c4ccc(-c5ccc6nc(NCC7CC7)ncc6c5)cc4)cc4ccccc43)cc2)CCN1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
551	OC1(c2ccc(-n3c(-c4ccc5[nH]c(-c6ccc(-c7ccc(-c8ccccc8)cc7)cc6)cc5c4)cc4ccccc43)cc2)CCN1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
552	OC1(c2ccc(-n3c(-c4ccc(-c5cnc(N6CCOC6)[nH]5)cc4)cc4ccccc43)cc2)CCN1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
553	O=C1CN(c2ccc(-c3ccc(-c4cc5ccccc5n4-c4ccc(C5(O)CCN5)cc4)cc3)cc2)CCN1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
554	OC1(c2ccc(-n3c(-c4ccc(-c5ccc6ccccc6c5)cc4)cc4ccccc43)cc2)CCN1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
555	O=C(Nc1c(Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)nnn1-c1ccc(C2(O)CCN2)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	5WE9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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