DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
601 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(-c4cccnn4)o3)c2)cc1OC AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
602 CC(C)OC(=O)N1CCCC(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)N(c2ccc(-c3noc(CO)n3)cc2)C1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
603 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)cc2)cc1-c1ccn(Cc2ccc(-c3cccnc3)cn2)c(=O)c1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
604 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(-c4cccnc4)o3)c2)cc1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
605 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-n3cnc(Cc4ccc(F)cc4)nc3=O)c2)cc1 AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
606 COc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C)c(-c3nnc(C4CC4)o3)c2)cc1OC AlphaDrug 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
607 COc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(C(=O)NCc4ccccn4)cc3)nc(C#N)c2C)cc1 AlphaDrug 5EXW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
608 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(CCCNCCc3ccc(-c4ccc(-c5ncnc(-c6cccnc6)n5)cc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4U43 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
609 O=C(O)c1ccc(CCN2CCC(c3ccc(C4CCN(C(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
610 O=C(Nc1ccccc1)c1ccc(N2CCC(Cc3ccc(C(=O)O)c(O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
611 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(c3ccc([N+](=O)[O-])cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
612 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(-c5ccc(-c6cncnc6)cc5)cc4)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
613 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(C5CC5)cc4)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
614 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(-c5ccccc5)cc4)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
615 O=C(O)c1ccc(CC2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(OCC5CCCCC5)cc4)cc3)CC2)cc1O AlphaDrug 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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