DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
751 COc1ccc(NC(=S)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
752 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
753 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(C)C)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
754 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
755 COc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1OC AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
756 COc1ccc(NC(=S)N2CCC2)cc1CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)NC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
757 COc1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C)cc3)cc(S(N)(=O)=O)c2)cc1 AlphaDrug 5L9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
758 COc1ccc2nc(C(=O)NC(CC3CCC(F)(F)CC3)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NCC(C)C)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
759 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(=O)NC(CNC(=O)c4cccc5ccccc45)C3)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
760 COc1ccc2nc(C(=O)NC(CC3CCCCC3)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NCC(C)C)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
761 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccccc4)CCC3N)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
762 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccccc4)CCC3O)sc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
763 COc1ccc2nc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)OCC(=O)O)sc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
764 COc1ccc2nc(C(=O)NC3CC(CNC(=O)c4ccc5[nH]c(=O)[nH]c5c4)C3)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
765 COc1ccc2nc(C(=O)NC3Cc4nc(OC)ncc4C(=O)NC(CNC(=O)c4cccc5ccccc45)C3)oc2c1 AlphaDrug 6NP5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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