DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
886 Cc1[nH]c2ccccc2c1CN1CCC(N(C)C(=O)C(N)NC(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)CC1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
887 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4CCC5CCC4N5C(O)C(=O)O)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
888 Cc1cccc([SH](N)(=O)NC2CCCC(C)(C)N(C)CC2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
889 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6ccccc6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
890 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccccc5)CCCC4)CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
891 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NO)CCN(CC4CCCC4)C3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
892 C[SH](=O)(Cc1ccc(-c2cc(F)cc(OC3CCN(C4CCCCC4)CC3)c2)c(F)c1)C1CCCCCC1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
893 Cc1cccc([SH](N)(=O)NC(=O)c2ccc(OCC3CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
894 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6cccc(Cl)c6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
895 Cc1cccc([SH](N)(=O)NC(=O)c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
896 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(O)c5)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
897 C[SH](=O)(Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1)C1CCN(CCC2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
898 Cc1ccc(CN2CCN(c3ccc(-c4cnn(CC(=O)NO)c4)cc3)CC2)cc1C AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
899 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(C(F)(F)F)cc5)C=CCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
900 Cc1cccc([SH](N)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3cnc4ccnn4c3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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