Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
946	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)c4cccc5ccccc45)cc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
947	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCC5CC(CC4)C(=O)N5)cc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
948	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NC4CCc5ccccc5C4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
949	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3cccc(Oc4ccccc4Cl)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
950	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=C3C(=O)Nc4ccccc43)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
951	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)c4cccc(O)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
952	CC1CN(c2nc(C(=O)CCC(=O)O)nc3c2cc(-c2ccccn2)n3CC2CC2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
953	CC1CN(c2nc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc3c2cc(-c2ccccc2)n3CC2CCCCC2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
954	Cc1cccc(-c2ccc(N3CCOC(C)C3)cn2)c1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
955	CC1CCCCN(Cc2cncc(-c3ccccc3)c2)C1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
956	CC1CN(c2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3c2ccn3CC2CCCCCC2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
957	CC1CN(c2nc(Nc3cc(Cl)ccc3Cl)nc(N3CCCC3)n2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
958	Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1C1CCC(C)(C)CC1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
959	CC1CN(c2nc(C(=O)CCC(=O)O)nc3c2cc(-c2ccccn2)n3CC2CCCCC2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
960	CC1CN(c2nc(C(=O)NCC(F)(F)F)nc3c2cc(-c2ccccc2)n3CC2CCCCC2)CCO1	AlphaDrug	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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