Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
976	CC(C)c1cc(C(=O)NCCCC(=O)NS(=O)(=O)c2ccccc2)ccc1C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	5TKK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
977	CC(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(Cc1ccc(O)c2ccccc12)NC(=O)C1CCCCCC1	AlphaDrug	5TKK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
978	CC(C)c1cc(C(CO)NC(=O)COc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)ccc1C(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	5TKK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
979	COc1ccc(CNC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C2CCCN2c2ccc(O)cc2)cc1	AlphaDrug	5TKK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
980	CCOC(=O)c1ccc(CN2CCC(c3nc4cc(Cl)ccc4[nH]3)C2)c(OC)c1	AlphaDrug	5TKK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
981	CC(=O)N1CC(C(=O)NC2CC(C(=O)O)CC2C(=O)O)CC(c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)C1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
982	CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc([N+](=O)[O-])ccc2OCC(F)(F)F)CC(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)C1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
983	CC(=O)N1CCC2(CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)C2)C1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
984	CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(-c3ccccc3)ccc2OCCC(=O)O)CC(C(=O)Nc2ccc(C(C)O)cc2)C1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
985	CCC1CC(NC(=O)C2CC(NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2C(=O)NO)CCN(C(C)=O)C1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
986	CC(=O)N1C2C(N(C(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)C21	AlphaDrug	6D18	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
987	CC(=O)NC(CNC(=O)c1cc2c(C)cccc2[nH]1)C(=O)NCC(=O)NCC(=N)N	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
988	CC(=O)NC(C(=O)NC(CC(=O)NCC(N)=O)C(=O)O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
989	CS(=O)(=O)c1cccc(NC(=O)c2ccc(O)c(NCC3CCCCC3)c2)c1	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
990	CC(=O)OC1CCC=CCC1O/C(=N/C(=O)c1ccccc1)NC(=O)c1cc(Cl)ccc1O	AlphaDrug	6D18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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