DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1021 Cc1cccc2nc(C(C)NC(=O)CCc3ccc4cnccc4c3)sc12 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1022 CC(NC(=O)CCc1ccc2ccnc(N)c2c1)c1nc2ccccc2o1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1023 CC(NC(=O)CCc1ccc2cnn(Cc3ccc(N4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)c2c1)c1ccccc1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1024 CC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)NC(=O)CCc1ccc2ccnc(N)c2n1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1025 CC(NC(=O)CCc1ccc2ccnc(N3CCC3)c2c1)c1nc2ccccc2n1C AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1026 CC(NC(=O)CCc1ccc(O)c(Cl)c1)c1ccc(-c2ccccc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1027 CC(NC(=O)CCc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3c(ccn3C)c2)cc1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1028 CC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)NC(=O)CCc1ccc2ccnc(N)c2c1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1029 CC(NC(=O)CCc1ccc2cnn(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1030 CC(NC(=O)CCc1ccc2ccnc(N)c2c1)c1nc2ccc(C(F)(F)F)cc2[nH]1 AlphaDrug 5ALB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1031 CCc1ccc(-c2ccc(C)c(NC3CCN(c4cccc(Cl)c4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4NYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1032 O=C(O)C1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 4NYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1033 O=C(c1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)O)C2)cc1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4NYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1034 O=C(O)C1CCN(c2ccc(-c3ccc(SCO)cc3)c3ccccc23)CC1 AlphaDrug 4NYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1035 O=C(O)C1C=CN(c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c(C3CC3)c2)CC1 AlphaDrug 4NYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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