DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1051 O=C(NC(CCCc1cc2ccccc2cc1-c1cc(OP(=O)(O)O)ccc1[NH+]([O-])O)C(=O)NC1CCCCC1)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1052 O=C(Nc1ccc2ccccc2c1)Oc1ccc([NH+]([O-])O)c(Cl)c1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1053 O=C(O)CCCCCCNC(=O)c1cccc(CC2N(Cc3ccccc3)C(=O)N2c2ccc([NH+]([O-])O)cc2)c1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1054 O=C(NCCCO)C(CC1CCCCC1)c1csc(Cc2ccc([NH+]([O-])O)cc2)n1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1055 O=C(NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O)c1cc(Cc2csc(N3CCCC3)n2)ccc1[NH+]([O-])O AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1056 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(-n2c(C(=O)NC3CCCCC3)nc3ccccc32)c([NH+]([O-])O)c1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1057 O=C(NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cccc2ccccc12)c1ccc(CC2NCCCCC2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1058 O=C(Nc1ccc2ccccc2c1)Oc1ccc([NH+]([O-])O)cn1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1059 O=C(Nc1cccc(CCC2CCCCC2)c1)c1cccc([NH+]([O-])O)c1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1060 O=C(Cc1ccc(NC(=O)Oc2ccc([NH+]([O-])O)cc2)cc1)Nc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5TA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1061 CC(C)(O)c1ccc(-n2cc(C(=O)NCc3ccc(F)c(-c4ccccc4)c3)c3c(N)ncnc32)cc1 AlphaDrug 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1062 CC(C)(O)c1ccc(-n2cc(C(=O)NCc3ccc(F)cc3)c3cc(O)ccc32)cc1 AlphaDrug 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1063 Cn1cc(-c2cc3c(N4CCC(Cc5ccccc5C(C)(C)O)CC4)ncnc3[nH]2)cn1 AlphaDrug 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1064 Cc1nc(C(=O)NC(Cc2cnn(-c3ccc(F)cc3)c2)c2ccc(Cl)cc2)cn1-c1ccc(C(C)(C)O)cc1 AlphaDrug 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1065 CC(C)(O)c1ccc(-n2c(=O)[nH]c3ccc(NC(=O)c4cccs4)cc32)cc1 AlphaDrug 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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