Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1081	O=C(/C1=C/C=C\C2=C/CCCCCC1CCCO2)N1C=CC(C(=O)N2CCC(CCc3ccc(O)cc3)CC2)CC1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1082	O=C(C1CCN(c2cccc(Oc3ccccc3)c2Cl)CC1)N1CCC(CCc2ccc(O)cc2)CC1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1083	O=C1COc2ccc(O)cc2OC1CC(O)CN1CCC2CCC1CC2	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1084	O=S(=O)(C1CCN(c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)CC1)N1CCC(Cc2ccc(O)cc2)CC1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1085	Oc1ccc(CCC2CCN(c3cccc(Cl)c3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1086	CC(C)CC(NC(=O)C1NCCO1)C(=O)C(CCC1CC1)NC(=O)C(CCC(=O)O)NS(=O)(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1087	O=C(C1CCN(c2cccc(Oc3ccccc3Cl)c2)CC1)N1CCC(CCc2ccc(O)cc2)CC1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1088	Oc1ccc(CCC2CCN(c3cccc(Cl)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1089	O=C(c1cc2ccccc2o1)N1CCC(CCc2ccc(O)cc2)CC1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1090	Oc1ccc(Cc2cccc(OCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCSSc3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	6IF0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1091	CCc1ccc(-c2cc(NC(=O)C(C)(C)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c(F)cc2F)cc1	AlphaDrug	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1092	CCc1ccc(-c2cc(NC(=O)C(C)(C)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc(C(=O)N3CCN(c4ccc5ccccc5c4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1093	CCc1ccc(-c2cc(NC(=O)Cc3ccc(-c4cccc(NC(C)=O)c4)cc3)cnc2C)cc1	AlphaDrug	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1094	CCc1ccc(-c2cc(NC(=O)Nc3ccc(-c4cccc(NC(C)=O)c4)cc3)cnc2C)cc1	AlphaDrug	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1095	CCc1ccc(-c2cc(NC(=O)C(C)(C)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc(O)c2C)cc1	AlphaDrug	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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