DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1126 NC(N)=Nc1ccc2cc(S(=O)(=O)N3CCC(c4cccc(OC(=O)Nc5ccccc5)c4)CC3)ccc2c1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1127 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(COc4cccc5cccnc45)c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1128 NC(N)=Nc1ccc(C2C(COc3cccc(O)c3)C(=O)N2S(=O)(=O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1129 NC(N)=Nc1ccc(N2CCN(c3ccc(S(=O)(=O)N4CCOCC4)cc3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1130 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4cc(N5CCOCC5)ccc4C)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1131 COc1ccc(-n2cc(C(=O)O)c(C(=O)Nc3ccc(-c4ccc(CN5CCN(S(C)(=O)=O)CC5)c(OC)c4)cc3)c2)cc1O AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1132 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4cc(N5CCC(N(C)C)CC5)ccc4C)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1133 COc1ccc(-c2cc(COc3ccc4c(c3)OCO4)ccc2C(=O)/N=C/C(O)C(=O)N(C)C)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1134 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4cc(N)cc5ccccc45)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1135 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4c(C)cccc4-c4ccccc4C(=O)O)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1136 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4cc(-c5ccc6ccccc6c5)ccc4C)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1137 COc1cc(-c2ccc(-c3cc4c(N)nc(N)nc4c(O)c3O)cc2)nc(OC)c1C AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1138 COc1ccc(-c2cc(C(=O)O)c3nc(-c4cc(N5CCNCC5)ccc4C)[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1139 O=C(NCc1ccc(Oc2ccccc2)cc1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6J0G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1140 CCc1cc2cc(Cl)ccc2n1C(=O)NCc1ccc(Cl)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6CZB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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