Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1171	CC(C)Cc1c(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)oc2cc(Cl)ccc12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1172	CC(C)Cc1cc(-c2ccc(CC(C)(C)NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc2nn[nH]c12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1173	CC(C)Cc1c(-c2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)oc2cc(Cl)ccc12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1174	CC(C)Cc1c(-c2ccc(S(=O)(=O)NC(Cc3ccc(F)cc3)C(=O)O)cc2)oc2cc(Cl)ccc12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1175	CC(C)Cc1c(-c2ccc(-c3cccc4cccc(CNCC(=O)O)c34)cc2)oc2cc(Cl)ccc12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1176	CC(C)Cc1c(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)oc2cc(Cl)ccc12	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1177	COc1cc(S(=O)(=O)NC(=O)C(Cc2ccc(C)cc2)NC(=O)C2CCC(NC(=O)C(Cc3ccc(F)cc3)C(=O)O)C2)c(C)cc1C	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1178	Cc1ccc2oc(C(=O)NC(=O)NC3CCCCC3)c(CC(C)C)c2c1	AlphaDrug	4YK0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1179	Cc1ccc(CC(NC(=O)c2oc3cc(Cl)ccc3c2CC(C)C)C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4YK0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1180	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6c(F)cc(Cl)cc6Cl)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1181	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1182	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6ccc(Cl)cc6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1183	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2C=CCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)N6CCC(C(=O)O)CC6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1184	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)N(C)C)CC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1185	Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1OCC1(C(=O)Nc2ccc(F)cc2)CCCC1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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