Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1201	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cc(C(F)(F)F)ccc6Cl)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1202	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nccnc4C(F)(F)F)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1203	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(-c4cccc(C5CCCCC5)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1204	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC=CC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cccc(N(N)C(=O)CC(F)(F)F)c6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1205	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC=CC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(c6ccc(Cl)cc6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1206	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cc(Cl)c(Cl)cc6Cl)CC=CC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1207	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cccc(Cl)c6)CCCC5)no4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1208	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1209	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(NC(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1210	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(N)nc5ncc(OC(F)(F)F)cc45)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1211	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)N6CCC(F)(F)C6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1212	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(N)nc5ncc(C(F)(F)F)cc45)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1213	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)O)CCC5)no4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1214	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(N)=O)CCCC5)no4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1215	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(F)c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	3V4T	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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